안녕하세요. 이디앤씨입니다.

첨부주신 사진이 Outline만 보여지는 형태라 정확하지는 않지만
Inner layer에서 배선 후에 Via의 사이즈가 변경 된다면 Antipad 설정일 수가 있습니다.
Tools - Options - Thermal 에서 Remove unused pads 설정을 체크 해제 한 후 확인바랍니다.

해당 옵션은 Trace나 Copper plane에 연결되지 않을 경우 사용하지 않는 Pin이나 Via로 간주하여  Pad를 없애는 옵션입니다.

감사합니다.